第二批于2016年4月15日起实行进站互配，主要以苏北、安徽、浙江、河南等方向为主，增加班次线条（桐乡、柯桥、靖江、洪泽），新增线条（信阳、社旗、淮滨、泌阳、郑州、亳州、安庆、霍山、利辛、潜山、芜湖、水头、长兴、乍浦、涟水、新沂、灌南、泗洪、盱眙），合计共增加39班。此次增加的线路基本为跨省超长班线，在一定程度上填补了港城汽车站苏北班线及周边跨省超长线路资源稀缺的空白。
第一批于2016年3月23日起实行进站互配，主要以周边苏锡常、上海等热门线路为主，班次加密的线条（上海、常州、淮安、南通、无锡东、苏州南站、苏州北站）；新增线条（杭州、宁波、启东、盐城），合计共增加68班。加密后，如苏州南站由原来的17班增加至30班，间隔时间由35分钟缩短为间隔时间20分钟；苏州北站由原来的14班增加至34班，间隔时间由50分钟缩短为20分钟；上海总站由原来的14班增加至20班，间隔时间由30分钟缩短为20分钟等等，其他线路在班次及时间上都有大幅度的提升。
同时，为更好地方便乘客，合理优化线路资源，港城汽车站重新对乘车区域进行了划分：A区（现港城汽车站候车大厅），调整为中长途班线上客点；B区（现旅游集散中心）为206路、209路、211路、212路、219路、229路及旅游专线等上客点。
线路资源更加丰富。班次间隔时间缩短至二三十分钟一班，班次间隔时间也大幅缩短，港城汽车站部分班次密度增加，两站联网班次互配之后港城汽车站的中长途班线班，分二批实施：届时，为方便市民购票出行，不必再跑冤枉路啦。港城汽车站与张家港客运站于2016年3月23日起实行两站联网售票。乘客可在就近的车站查询对方车站的票务信息或直接购买预售票，
信阳、社旗、淮滨、泌阳、郑州、亳州、安庆、霍山、利辛、潜山、芜湖、水头、长兴、乍浦、涟水、新沂、灌南、泗洪、盱眙
